{ "bcoid": "GLY_000283", "title": "Glycan Motif", "description": "The dataset provides information on the glycan motifs for the associated glycan (GlyTouCan Accession). ...", "filename": "glycan_motif.csv", "filetype": "csv", "categories": { "molecule": "Glycan", "tags": "Motif", "status": "Reviewed", "file_type": "csv", "scope": "internal" }, "minitable": { "content": [ [ "G00009BX...", "GGM.000001..." ], [ "G00009BX...", "GGM.000036..." ] ], "headers": [ "glytoucan_ac...", "motif_ac..." ], "colwidth": [ "40%", "20%" ] }, "sampledata": { "type": "table", "data": [ [ { "type": "string", "label": "glytoucan_ac" }, { "type": "string", "label": "motif_ac" }, { "type": "string", "label": "motif_name" }, { "type": "string", "label": "is_reducing_end" }, { "type": "string", "label": "collection_name" }, { "type": "string", "label": "collection_accession" }, { "type": "string", "label": "alternative_name" }, { "type": "string", "label": "aglycon" }, { "type": "string", "label": 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The listed GlyTouCan Accessions are derived from the GlyTouCan accession master list (https://data.glygen.org/GLYDS000281). Source database: https://glytoucan.org/\n\nDescription Domain\n Keywords\n - Glycan\n - Motif\n\n Pipeline Steps\n - Step-1: The input file was downloaded from the author and a python script is used to extract the data for the GlyTouCan accessions based on the acession master list.The data incudes curated list of the motif accessions and other information like: motif name,reducing end,alternative name,aglycon.\n\nExecution Domain\n Scripts - https://github.com/GW-HIVE/glygen-backend-integration/blob/master/pipeline/integrator/make-species-agnostic-dataset.py\n\n\n Software Prerequisites\n Name: Python\n Version: 2.7.5\n URI: https://www.python.org/download/releases/2.7.5/\n\nI/O Domain\n Input Subdomain\n Name: allmotifs.tsv\n URI: https://data.glygen.org/ln2wwwdata/source/allmotifs.tsv\n Output Subdomain\n Name: glycan_motif.csv\n URI: http://data.glygen.org/ln2wwwdata/reviewed/glycan_motif.csv\n Name: glycan_motif.stat.csv\n URI: http://data.glygen.org/ln2wwwdata/reviewed/glycan_motif.stat.csv\n\nFields\n Name: \"motif_ac_xref\"\n Description: \" equivalent motif present in the GlyTouCan database. 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