{ "bcoid": "GLY_000173", "title": "Glycan Monosaccharide Composition (Rat GlyTouCan Masterlist)", "description": "The dataset provides the monosaccharide compositions for the associated glycans (GlyTouCan Accession). ...", "filename": "rat_glycan_monosaccharide_composition.csv", "filetype": "csv", "categories": { "species": "Rattus norvegicus", "molecule": "Glycan", "tags": "Monosaccharide composition", "status": "Reviewed", "file_type": "csv", "scope": "internal" }, "minitable": { "content": [ [ "G00026MO...", "3..." ], [ "G00027MO...", "3..." ] ], "headers": [ "glytoucan_ac...", "Hex..." ], "colwidth": [ "40%", "20%" ] }, "sampledata": { "type": "table", "data": [ [ { "type": "string", "label": "glytoucan_ac" }, { "type": "string", "label": "Hex" }, { "type": "string", "label": "HexNAc" }, { "type": "string", "label": "dHex" }, { "type": "string", "label": "NeuAc" }, { "type": "string", "label": "NeuGc" }, { "type": "string", "label": "HexA" }, { "type": "string", "label": "HexN" }, { "type": "string", "label": "S" }, { "type": "string", "label": "P" }, { "type": "string", "label": "aldi" }, { "type": "string", "label": "Xxx" }, { "type": "string", "label": "Count" } ], [ "G00026MO", "3", "2", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "5" ], [ "G00027MO", "3", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "4" ], [ "G00028MO", "5", "2", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "7" ], [ "G00029MO", "4", "3", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "7" ], [ "G00030MO", "3", "4", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "7" ], [ "G00031MO", "1", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "2" ], [ "G00032MO", "1", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "2" ], [ "G00034MO", "1", "2", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "3" ], [ "G00036MO", "0", "2", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "2" ], [ "G00038MO", "0", "3", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "3" ], [ "G00042MO", "0", "2", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "2" ], [ "G00046MO", "2", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "2" ], [ "G00049MO", "3", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "4" ], [ "G00050MO", "3", "1", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "5" ], [ "G00051MO", "1", "1", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "3" ], [ "G00052MO", "1", "1", "2", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "4" ], [ "G00055MO", "1", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "2" ], [ "G00056MO", "1", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "2" ], [ "G00058MO", "2", "2", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "4" ], [ "G00059MO", "3", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "3" ], [ "G00065MO", "1", "1", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "3" ], [ "G00066MO", "1", "1", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "3" ], [ "G00068MO", "1", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "2" ], [ "G00069MO", "3", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "4" ], [ "G00070MO", "3", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "4" ], [ "G00071MO", "3", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "4" ], [ "G00176HZ", "3", "6", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "10" ], [ "G00199JR", "4", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "5" ], [ "G00320ZP", "5", "4", "0", "3", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "12" ], [ "G00395TQ", "2", "2", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "5" ], [ "G00520NI", "3", "5", "0", "4", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "12" ], [ "G01223AA", "8", "7", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "16" ], [ "G01367ZS", "4", "4", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "9" ], [ "G01453BU", "2", "2", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "5" ], [ "G02149VR", "3", "1", "0", "3", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "7" ], [ "G02244ID", "2", "4", "0", "4", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "10" ], [ "G02657AK", "2", "1", "0", "2", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "5" ], [ "G03764XL", "4", "5", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "10" ], [ "G03802LT", "5", "4", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "10" ], [ "G03934XO", "8", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "9" ], [ "G04595ZA", "4", "5", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "10" ], [ "G04618ND", "6", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "7" ], [ "G04689DA", "7", "2", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "9" ], [ "G04715SK", "4", "3", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "8" ], [ "G05724WC", "2", "4", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "6" ], [ "G06069CG", "5", "4", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "10" ], [ "G06661NE", "2", "2", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "5" ], [ "G07394RV", "2", "1", "0", "2", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "5" ], [ "G07430HH", "3", "2", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "5" ], [ "G07483YN", "3", "3", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "7" ], [ "G08371CD", "0", "1", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "2" ], [ "G08520NM", "5", "3", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "8" ], [ "G08712ES", "4", "5", "2", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "11" ], [ "G09394JN", "5", "4", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "10" ], [ "G09635US", "5", "4", "2", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "12" ], [ "G09724ZC", "4", "2", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "6" ], [ "G09775CH", "7", "2", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "9" ], [ "G09921WG", "5", "4", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "10" ], [ "G10820KD", "4", "5", "2", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "11" ], [ "G10898KH", "4", "5", "2", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "11" ], [ "G11041DA", "5", "4", "1", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "11" ], [ "G11535IB", "4", "5", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "9" ], [ "G11637WL", "6", "3", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "10" ], [ "G12150CK", "3", "5", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "8" ], [ "G14548ZL", "8", "2", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "10" ], [ "G14576KZ", "3", "3", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "7" ], [ "G15948XY", "2", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "3" ], [ "G15956KF", "6", "2", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "8" ], [ "G16612QG", "1", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "2" ], [ "G16828VN", "6", "3", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "9" ], [ "G17689DH", "5", "4", "1", "2", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "12" ], [ "G17790QU", "5", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "6" ], [ "G17843DM", "1", "3", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "4" ], [ "G17848HM", "4", "5", "1", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "11" ], [ "G18140CR", "7", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "8" ], [ "G18641IV", "6", "5", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "11" ], [ "G18892PE", "0", "3", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "3" ], [ "G18938DW", "7", "6", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "13" ], [ "G19524AS", "2", "1", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "4" ], [ "G19588HA", "6", "5", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "12" ], [ "G20079RG", "4", "5", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "10" ], [ "G20372QO", "2", "3", "2", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "7" ], [ "G20815TK", "6", "5", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "11" ], [ "G20966TZ", "5", "4", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "9" ] ] }, "readme": "Name\n - Glycan Monosaccharide Composition (Rat GlyTouCan Masterlist)\n\nVersion\n - 1.4.5\n\nCreated on\n - 2019-08-13T19:58:41.957851\n\nModified on\n - \n\nCreated by\n - Rahi Navelkar [rsn13@gwu.edu], Jeet Vora [jeetvora@gwu.edu], Robel Kahsay [rykahsay@gwu.edu], Xavier Holmes [xavierh@email.gwu.edu]\n\nAuthors\n - Nathan Edwards [nje5@georgetown.edu]\n\nChecksum\n - \n\nUsability Domain\n - The dataset provides the monosaccharide compositions for the associated glycans (GlyTouCan Accession). It provides the count for sugar residues such as Hexose (Hex), N-Acetylhexosamine (HexNAc), Deoxyhexose (dHex), N-Acetylneuraminic Acid ( NeuAc), N-Glycolylneuraminic Acid (NeuGc), Other (Xxx). The listed GlyTouCan Accessions are derived from the Rat GlyTouCan accession master list (https://data.glygen.org/GLYDS000146). Source database: https://glytoucan.org/\n\nDescription Domain\n Keywords\n - Glycan\n - GlyTouCan Accession\n - Monosaccharide Composition\n\n Pipeline Steps\n - Step-1: The input file was downloaded from the author and a python script is used to extract the data for the GlyTouCan accessions based on the acession master list. Refer to the usability domain for more information on master list.\n\nExecution Domain\n Scripts - https://github.com/GW-HIVE/glygen-backend-integration/blob/master/pipeline/integrator/make-glycan-dataset.py\n\n\n Software Prerequisites\n Name: Python\n Version: 2.7.5\n URI: https://www.python.org/download/releases/2.7.5/\n\nI/O Domain\n Input Subdomain\n Name: monocomp.tsv\n URI: https://data.glygen.org/ln2wwwdata/source/monocomp.tsv\n Output Subdomain\n Name: rat_glycan_monosaccharide_composition.csv\n URI: http://data.glygen.org/ln2wwwdata/reviewed/rat_glycan_monosaccharide_composition.csv\n Name: rat_glycan_monosaccharide_composition.stat.csv\n URI: http://data.glygen.org/ln2wwwdata/reviewed/rat_glycan_monosaccharide_composition.stat.csv\n\nFields\n Name: \"Count\"\n Description: \"\"\n Unique Values: \"16\"\n Name: \"Xxx\"\n Description: \"\"\n Unique Values: \"2\"\n Name: \"dHex\"\n Description: \"\"\n Unique Values: \"4\"\n Name: \"HexA\"\n Description: \"\"\n Unique Values: \"2\"\n Name: \"NeuGc\"\n Description: \"\"\n Unique Values: \"2\"\n Name: \"Hex\"\n Description: \"\"\n Unique Values: \"10\"\n Name: \"HexNAc\"\n Description: \"\"\n Unique Values: \"8\"\n Name: \"HexN\"\n Description: \"\"\n Unique Values: \"1\"\n Name: \"P\"\n Description: \"\"\n Unique Values: \"1\"\n Name: \"S\"\n Description: \"\"\n Unique Values: \"3\"\n Name: \"aldi\"\n Description: \"\"\n Unique Values: \"1\"\n Name: \"glytoucan_ac\"\n Description: \"\"\n Unique Values: \"290\"\n Name: \"NeuAc\"\n Description: \"\"\n Unique Values: \"6\"", "downloadurl": "/ln2data/releases/data/v-1.4.5/reviewed/rat_glycan_monosaccharide_composition.csv" }